巧克力囊肿病人在进行手术时，通常需要采用全麻的手术方式，没有任何知觉，因此不会感到疼痛。但是术后由于麻醉药物药力逐渐减弱，直至消失，病人可能感觉到腹部微创的切口出现不适感。另外，因为腹腔镜手术中需要向腹腔内打气，术后气体在腹腔内具有逐渐吸收的过程，部分病人可能会出现小腹不适、肩部酸胀、胸腹部腹胀等，通常在术后24小时能够自行消失。

部分巧克力囊肿病人，合并盆腔深部内异症，包括直肠粘连、膀胱粘连，以及输卵管粘连等，需要进行盆腔粘连分解，因此手术创面较大，而且术后盆腔充血，可能会增加术后痛感。此时病人需要进行药物治疗，进一步减轻盆腔疼痛感。