对于阴囊萎缩的处理，常见有以下几种治疗方法：
1、抗炎治疗：对于由炎症引起的阴囊萎缩，如前列腺炎、睾丸炎等，可根据炎症的不同进行抗炎治疗，如细菌性前列腺炎，或非细菌性前列腺炎，可经验运用喹诺酮类抗生素，如氧氟沙星，或广谱抗生素，如头孢类抗生素等，还可选择大环内酯类抗生素，如红霉素和罗红霉素等；
2、补充雄激素：阴囊萎缩临床多数表现为睾丸功能下降、体内雄激素水平下降，患者可根据血液化验雄激素水平，来适当补充雄激素，如十一酸睾酮的补充。开始的应用剂量可以偏小，但具体仍需根据检测结果和症状的不同，来适当增加睾酮水平，增加雄激素补充的水平；
3、手术治疗：对于由其他原因引起的阴囊萎缩，如鞘膜积液、疝气，或精索静脉曲张等，在应用抗生素治疗的同时，还可以进行手术治疗，包括鞘膜切除、疝气修补，或精索静脉曲张高位结扎等，以减少代谢，或衍生物质对阴囊和睾丸的刺激，多余阴囊萎缩的患者通过对症处理，症状基本都能缓解。
