通常要通过外科手术将萎缩的胆囊切除，以避免引起更严重的并发症。大多数的胆囊萎缩是由于胆囊慢性炎症引起，而导致胆囊慢性炎症的主要原因是胆囊结石，胆囊结石反复刺激胆囊壁而引起胆囊壁的炎症，胆囊壁增厚，胆囊的收缩功能逐渐丧失。胆囊可以缩小直至胆囊萎缩，内部可以有结石，也有少部分的胆囊萎缩具体病因不清楚。
无论是胆囊结石引起的慢性胆囊炎，或者是其他原因导致的胆囊萎缩，胆囊功能已经丧失，胆囊不再具备有储存和浓缩胆汁的功能，萎缩的胆囊存在于体内反而可能会增加胆囊癌变的风险，如果胆囊结石合并慢性胆囊炎，也可以引起腹部隐痛不适等症状。所以胆囊萎缩确诊之后，则建议尽早地通过外科手术将生病的胆囊移出体外，以避免后续出现更严重的并发症，特别是胆囊癌，目前发现胆囊癌的发生主要是和胆囊结石合并慢性胆囊炎有关。
