女性一旦诊断为肛瘘，即需立刻进行手术治疗。若不进行手术，则无法达到根治的目的。但此病从理论上分析为良性疾病，患者可出现出现剧痛，导致无法走路。甚至出现发热症状。

肛瘘反复迁延不愈，通常对肉体上的伤害相对较小，对患者最大的影响来自于心理和精神层面。因患者出现反复溢液，内裤上会出现沾染，导致夏天无法穿薄裤子或浅色裤子。因此一旦诊断为肛瘘，只有进行手术方可根治。