胃肠道间质瘤的危险因素，指的是导致胃肠道间质瘤危险或者是变严重的因素。肿瘤的发生常常是内因、外因共同长期作用的结果，如长期吸烟，一天一包烟，20-30年可能会导致肺癌的发生，乙肝病毒的感染容易导致肝炎、肝硬化，甚至肝癌的发生。胃肠道间质瘤的外部危险因素尚不是完全明确，饮食、环境和遗传因素等都有一定的关系，但是关联性都比较弱。

但是也有例外情况的发生。一是”家族性胃肠道间质瘤“，但是罹患”家族性胃肠道间质瘤“的概率非常低；二是某些遗传性疾病，比如神经纤维瘤病Ⅰ型，可能会增加患胃肠道间质瘤的相关风险。

胃肠道间质瘤的内因即内部危险因素，就是基因突变，几乎90%的胃肠道间质瘤患者都存在C-KIT和PDGFRα基因突变，这两类基因突变会导致细胞的异常增生，但是非常遗憾，胃肠道间质瘤没有自己明确的肿瘤标志物，所以通过肿瘤标志物的检测，来监测或者诊断胃肠道间质瘤是不现实的。所以胃肠道间质瘤的预防工作，比较难以进行相应的开展。