核酸检测可以检查多种疾病，通常感染性疾病大部分都可以通过核酸检测诊断，常见如下：

1、新型冠状病毒感染：目前用得最多的为新型冠状病毒的核酸检测，通常为咽拭子，包括口咽拭子和鼻咽拭子，特殊人群中可能会做肛拭子的核酸检测，目的是及时发现感染者；

2、流感：此外，用得最多的还有流感的核酸检测，流感病毒可能每年都会变异，部分患者会反复感染，如果检测抗体则比较不准确，因为患者以前感染过流感，所以可能本身即为流感抗体阳性，但核酸检测则可证明该次为正在感染流感；

3、艾滋病：除呼吸道疾病外，在血液传播、性传播的疾病中用得最多的为艾滋病核酸检测，艾滋病的核酸检测可证明体内病毒数量的多少。经抗病毒治疗后，正常情况下半年后核酸检测病毒会明显下降，通常为下限以下，即检测不到艾滋病病毒，此时采用核酸检测定量，以评估艾滋病的抗病毒治疗效果；

4、病毒性肝炎：乙型病毒性肝炎和丙型病毒性肝炎亦可做核酸检测，乙肝病毒属于DNA病毒，丙肝病毒属于RNA病毒，两者均可进行核酸检测，以评估体内病毒数量及治疗效果。治疗后核酸的数量从多变少甚至检测不到，则说明治疗非常有效。

很多疾病均可做核酸检测，以证明体内是否存在相应的病原体。