皮脂腺囊肿手术通常10分钟左右可完成，但具体需看皮脂腺囊肿的位置及大小。背部皮脂腺囊肿较常见，若为单发，手术10分钟即可切除。若皮脂腺囊肿为多发，则需单个切除。

如果多个皮脂腺囊肿合成一团，或皮脂腺囊肿较大时，可能切除范围较大，为避免切除过多导致皮肤无法对合，此时需设计手术方案。手术切口可较小，但需挖得较深，使皮肤较好对合。皮下还可放置引流条，因手术切口问题，若不放引流条或引流管，一旦出现积液则引流不出，此时手术时间较长。