系统性红斑狼疮的严重后果为累及重要脏器，引起相应脏器功能不全导致功能障碍，或红斑狼疮在治疗过程中应用药物出现严重感染、肝肾功能不全等相关不良反应。系统性红斑狼疮可累及全身各个系统，具体如下：

1、中枢神经系统：可引起幻觉、头痛、脑卒中等严重情况的发生；

2、血液系统：可出现严重血小板减少、溶血性贫血等；

3、呼吸系统：可出现狼疮性肺炎、间质病变、肺动脉高压等危及生命；

4、肾脏病变：狼疮肾炎可分为6型，对于Ⅲ型、Ⅳ型的增殖型狼疮肾炎，通常可在短期内引起肾脏急剧病变，导致高血压、血尿、蛋白尿等影响肾脏功能。

系统性红斑狼疮治疗过程中可应用激素、免疫制剂、生物制剂等药物，在攻击疾病过程中可造成机体其它损伤，如感染、严重肝肾功能不全等。