肝素钠和肝素钙都属于抗凝药，区别是肝素钠的副作用相对比肝素钙要明显一些，主要的副作用表现是注射局部可能会发生皮下出血的情况。肝素(钙)局部发生皮下出血的现象，明显比肝素钠少见，所以临床上应用肝素钙的情况更多。

由于肝素钠有引起注射部位局部皮下出血的不良反应，所以很少使用。肝素钠比肝素钙便宜，价格低一些，在临床上还在用于静脉点滴，需要留置静脉留置针的病人，封管时使用肝素钠。因为不牵扯到皮下注射出血的副作用问题，所以在封管时，使用肝素钠比较常见。