肝癌手术切除以后有较多并发症，但是常见的并发症是出血、胆瘘、腹腔感染，这是相对比较严重的并发症。还有发生率比较高但是后果不是很严重的并发症，如胸腔积液、肺部感染、泌尿系统感染，以及胃肠功能的紊乱、术后胃扩张。还有短期内发生切口并发症，如切口感染。
长远并发症如肝功能不全，也比较常见，通过手术以前的正确的评估，手术当中控制切肝范围多数可以避免。胆瘘、出血和腹腔感染跟手术操作有关，止血要彻底，胆瘘往往不容易被发现，但要做精细手术，对胆管要做好结扎。特别是现在开展腔镜手术以后有放大效应，所以对精细结构判断比较准确，发生率也不是很高。腹腔感染多数继发于胆瘘，所以一般有胆瘘，多数有腹腔感染。随着外科手术做得越来越精细，这样的并发症特别是严重并发症越来越少，病人往往恢复比较快。
