肝脏囊肿较小，并且患者没有任何症状，无须特殊处理，只要定期随访复查即可。如果囊肿过大，超过10cm，引起相应的压迫症状。压迫肝脏会导致肝功能不全、转氨酶异常。压迫胃肠道会导致无法进食、恶心、呕吐。向上压迫肺部可能导致呼吸困难、气促。
这种情况就需要进一步处理，可以穿刺抽液或者手术治疗。手术可以选择腹腔镜下的肝囊肿开窗手术，能达到根治的效果。而穿刺抽液后，囊肿内液体有可能会再次生长，建议患者还是选用手术治疗。
如果囊肿合并出现内部出血、感染、胆瘘的情况，即使囊肿较小，也需要进一步处理。因为会引起右上腹胀痛，甚至合并严重的感染，出现畏冷、寒战、发热等表现，可以先考虑保守治疗，给予消炎等对症处理，保守治疗无效时，需要考虑手术治疗，达到根治效果。
