羊水穿刺的流产风险约为1/200，但事实是工作中并不存在如此的概率。因为对穿刺的指征要求非常严格，感冒、咳嗽或存在先兆流产风险的孕妇，均不建议行羊水穿刺，所以风险也可较大程度降低。

但是有时确实难以避免，比如胎儿存在异常、流产的迹象，但是并未表现出来，一旦穿刺刺激婴儿后，较快便会出现流产的征象，但羊水穿刺的风险全世界各地基本均为如此。