并非所有卵巢巧克力囊肿均需治疗，应根据患者症状及个人需求决定。部分患者虽然存在卵巢巧克力囊肿，但囊肿只有1-2cm，且未出现痛经及月经改变等症状，此时可以暂时观察，多数无需特殊处理。

如患者存在卵巢巧克力囊肿伴痛经等症状，则需给予相应药物治疗。如果卵巢巧克力囊肿＞4cm，且患者出现不孕，通常需手术治疗。