胃肠间质瘤预后与其分型、大小、侵袭性等密切相关，胃肠间质瘤是胃肠道常见的间质来源肿瘤，属于交界性肿瘤，所谓交界性，即介于良性和恶性之间。间质瘤可分为低危、中危、高危，对于低危和中危情况，手术切除干净后通常可以治愈。

对于高危情况，由于肿瘤较大，核分裂象比较多，展现出了一定侵袭性生长的生物学行为，因此预后比较差。此时需尽早处理，尽可能进行根治切除，如果是高危因素，还需口服1-3年，甚至更长时间的格列卫，以预防和减少胃肠间质瘤复发。