直肠镜是比较特殊的检查手段，主要是肛肠科使用较多。其是使用特殊的硬镜在窥器的帮助下送到直肠里去对直肠进行检查，但检查的清晰度不是特别高，范围相对较小，主要是肛门和直肠一小段，即检查痔疮和附近的一小段直肠有无病变。
直肠镜主要是在肛肠科使用，和消化科所指的肠镜其实不同。目前肠镜主要是大肠镜，来检查结肠、直肠，在看到结肠的同时，直肠一定能够检查到。
所以其实现在很少有人用直肠镜，如果要检查直肠，不如将大肠也进行检查，即使是肛肠科的医生在检查完肛门后，如果觉得有必要也会推荐病人进行大肠的检查。
大肠包括结肠和直肠，其检查需要用普通的肠镜，主要是用来检查结肠和直肠，也看到小部分小肠，最主要的作用是排除肿瘤、息肉、溃疡以及炎症等病变，尤其是肠道息肉、结肠肿瘤的癌前病变，目前是推荐定期进行普查，所以直肠镜的使用范围已经很少。
