直肠镜检查目前在临床上应用较少，直肠镜较短，可以观察直肠附近的病变，即直肠内病变。在检查时会让患者排空大便，无需进行结肠镜的清肠准备，医生会让患者采取左侧卧位或膀胱截石位，医生手持镜端进入直肠进行观察。直肠镜属于硬镜，先到达远端，之后再缓慢退镜进行观察。
在观察过程中，如果发现病变，可以直接进行处置。如果发现息肉，则可以直接进行切除。如果发现出血，可以进行内镜下止血，如果发现肿物，还可以进行活体组织检查。直肠镜只能检查直肠部分的病变，包括肛管附近病变，例如痔疮、肛瘘、肛裂等，均能够进行观察。直肠镜不能观察乙状结肠等部位的病变，如果需要进一步观察上方病变，则需要进行清肠，并且需要使用结肠镜进行观察。结肠镜属于软式内镜，而直肠镜属于硬式内镜。
