手术是心脏黏液瘤最主要的治疗手段，或者是必须治疗手段，目前介入还不能治疗此病。手术可采取开胸手术，或者微创腔镜下手术，通过体外循环，无论采用小切口或者常规切口手术把左房黏液瘤完整切掉，切掉后则不会复发。手术效果良好，成功率接近于100%。
黏液瘤手术大部分是由于黏液瘤脱落，如堵在脑子里、堵在肠系膜造成并发症。手术成功率非常高，基本不会有死亡率。心脏黏液瘤是良性肿瘤，一旦发现应及时治疗，效果非常好。