自身免疫性脑炎跟一般的病毒性脑膜炎或者细菌性脑膜炎相比，预后相对较差。预后与以下因素有关：

1、与临床症状的严重程度有关，比如急性期的自身性免疫性脑炎患者大脑受累，陷入昏迷，这种病情程度是比较重的自身免疫性脑炎，预后就较差；

2、和自身免疫性脑炎的病因有关，比如由卵巢肿瘤引起的自身免疫性脑炎，未去除肿瘤，可能会使自身免疫性脑炎复发，预后也就差。

所以需要尽量查明肿瘤病因，并予以切除，降低自身免疫性脑炎的复发率。