卵巢巧克力囊肿可引起不孕，而且不孕与卵巢巧克力囊肿互为因果。临床不孕症患者多数存在子宫内膜异位症，部分合并卵巢巧克力囊肿。

卵巢巧克力囊肿为子宫内膜生长至卵巢内，月经来潮卵巢异位内膜也会出血，久而久之，卵巢内积累较多巧克力样液体。不仅囊肿逐渐增大，还可能造成周边组织粘连，如输卵管及周边腹膜粘连，影响输卵管蠕动。囊肿增大可能影响排卵，均为影响受孕的因素。