第二次根管治疗，通常不会出现疼痛，因为经过第一次根管治疗以后，牙髓即牙神经基本被去除，去除后牙齿没有特别的感觉。第一次根管治疗将牙髓去除，还进行根管的冲洗、消毒、隔湿、吹干后，根管内炎症或牙髓、其他残渣，已经去除的比较干净。如果再进行第二次根管治疗，基本上不会碰到太多导致疼痛的物质，因此第二次根管治疗不疼。

但经过第一次根管治疗以后，牙齿仍然有残髓或者里面没有去除干净、炎症复发，则第二次根管治疗过程中，可能会出现疼痛。如果出现疼痛，则要针对不同原因以及不同情况，而给予相应的处理方案。