大部分胃肠道间质瘤是散发，不会遗传，因为只有发生在生殖细胞中的突变才有可能遗传下来，这种突变医学上叫做胚系突变。而引发胃肠道间质瘤的基因突变，KIT和PDGFRα基因活化突变是体系突变，因此不会遗传。

约有5%的胃肠道间质瘤患者有家族史，一个家族中往往有多个患者，这种胃肠道间质瘤被称为家族性GIST。家族性GIST的发病机制与散发型GIST的相似，但区别于散发型GIST的最主要特征是多发的GIST，顾名思义肿瘤可发生于胃肠道多个不同部位，对于这部分患者，医生应注意询问其病史，尤其是家族史，并进行详细的体格检查，如皮肤色素沉着、牛奶咖啡斑等体征，都有助于家族性GIST的诊断。

患者通常在20岁以内发现肿瘤，绝大部分胃肠道间质瘤患者不需要太担心，也无需进行遗传方面的检测，主要是由于胃肠道间质瘤遗传的概率非常低。