脑起搏器手术属于颅脑手术，但是其为微创手术，和颅脑外伤、脑出血、颅内肿瘤手术相比，其创伤较小。脑外伤、脑出血和脑肿瘤手术一般需要开颅，手术创伤较大、切口较大，打开颅骨板进到颅内的时间也较长、出血较多。这类手术的风险相对较大，所以造成手术并发症，如脑出血、颅内感染等后遗症的风险较大，一般为3%左右。
脑起搏器手术属于微创手术，是在立体定向技术引导下进行的手术。首先其创伤较小，在双侧额顶部一边一个，较小的弧形切口，或者C形切口，一边颅骨只钻一个洞，不是把整个颅骨打开。其只在导航、微电极、手术计划系统、磁共振的引导下把直径不到1.5mm的电极植入颅内，所以整体创伤较小、出血较少、切口较小，对患者的损伤并不大，而且手术条件允许时，多数患者在局部麻醉下进行手术，手术中患者大脑是清醒的，可以说话、做动作、和医生配合、和医生交流沟通，所以手术风险非常小的，患者在接受手术时不必对此产生畏惧心理。