自然流产第二天出现腹痛可能存在以下原因：

1、存在不全流产现象：即仍有部分胚胎组织存留在子宫内部，可以刺激子宫收缩出现腹痛；

2、宫外孕是较危险的疾病，出现腹痛可能是宫外存在胚胎所致；

3、合并盆腔炎可能出现腹痛。

因此，自然流产第二天出现腹痛需要引起高度重视，应及时到医院进一步确诊。因子宫收缩引起的腹痛，服用活血化瘀药物、休息后可以自然消失。