肛瘘手术时间长短与瘘管的复杂程度有关，简单瘘管可能20分钟可以结束，指麻醉以后20分钟可以结束；复杂瘘管如果为肛提肌以下瘘管，需要30-40分钟可以结束；如果存在肛提肌以上复杂瘘管，可能需要2-3小时。

此外，手术时间还与手术方式有关，肛提肌以下瘘管如果为复杂瘘管，可以通过减少组织切开使创面缩小，手术时间可以缩短；如果为肛提肌以上瘘管，有时需要进行挂线、控制引流或放置引流管等，时间可能达到2-3小时；如果患者手术当中出血较多，则时间相对延长。