肛裂通常能够治愈，治疗方法需依据肛裂类型决定，急性肛裂由于创面新鲜，保持大便通畅，经过药物治疗以后可以得到治愈。

慢性肛裂伴有裂痔形成及肛乳头肥大，时间较长后可伴有肛裂基底部皮下瘘形成，由于局部的炎性组织刺激，较难治愈。此种肛裂必须通过手术治疗切除裂痔、肥大肛乳头以及基底部隐性坏死组织，使创面保持引流通畅，同时切开创面基底部内括约肌。

手术解除引起肛裂难以治愈的两个因素包括内括约肌痉挛、引流不畅，术后经过局部换药，创面能够得到治愈。