心内电生理检查属于检查心律失常的有创检查，具有一定的危险。进行心内电生理检查目的是为明确心律失常发生机制以及类型，以便确定介入治疗方法。检查时需要放置电极导管，按常规方法是经过锁骨下静脉穿刺或经股静脉穿刺，将导管置入心房或心室，心内电极导管能准确记录心腔内不同部位局部电变化，与体表心电图同步记录分析，可以对心律失常发生机制做出准确判断。
第二步是起搏刺激程序，旋转电极导管后用程控心脏电刺激，根据需要发放不同刺激，诱发患者平时发作的心律失常，观察和详细记录电刺激以及刺激停止前后心内电图和体表心电图电生理特征，达到心律失常诊断目的，确定下一步消融治疗措施。
因为心内电生理检查具有创伤性，需要通过血管穿刺将电极线放到心腔内部，极少数患者可能出现误穿锁骨下动脉，导致动脉出血。穿刺下肢血管时，可以引起血栓栓塞。操作不慎时，容易将导引钢丝掉入血管，可以出现房颤、室速以及瓣膜反流甚至气胸等并发症，所以具有一定风险。但是心内电生理检查主要为明确复杂心律失常诊断和治疗，目前技术较为成熟，出现以上危险较少，患者获益较大。
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