巧克力囊肿与是否进食巧克力无关，巧克力囊肿是一种子宫内膜异位到卵巢上的疾病，又称为卵巢子宫内膜异位囊肿。因为异位在卵巢上的子宫内膜，与在位的子宫内膜相同，均受到周期性激素水平影响，可以导致卵巢上的子宫内膜也形成周期性出血。

如果周期性出血日积月累，可以呈陈旧的血色，即巧克力色，所以称为巧克力囊肿，实际属于外观的描述。巧克力囊肿发生时可能较小，无明显症状，此后可能逐渐增大至3-5cm，通常增大至4cm则需要手术治疗。