胃肠道间质瘤患者如果术后需要服用靶向药，一般应在术后3-4周开始服药。

因为术后3-4周开始服药，主要还是考虑患者的身体恢复情况。毕竟手术，尤其是开腹的手术，对患者本身是一种创伤，只有休养好了，才能应对开始服药之后可能出现的各种靶向药物的副作用。

根据基因检测的结果，大多数患者最开始服用的多是伊马替尼，但是大约有一半复发或者转移的胃肠道间质瘤患者，会在服用伊马替尼之后2年内再次出现耐药的情况，此后可能需要服用二线、三线和四线的靶向药物。如果手术以后基因检测结果是PDGFRα D842V突变，这时候服用伊马替尼是无效的，所以建议服用阿伐替尼。