黏膜下肌瘤通常需要手术处理，将肌瘤摘除。还应观察黏膜下肌瘤突出的程度，因为黏膜下肌瘤也是从肌壁间生长起来，肌瘤长出后，突向宫腔的方向，突出的程度可以不一样，比如肌瘤，有可能突出20%-30%，也有可能突出到70%-80%，还有的肌瘤完全突向宫腔，仅是有一个蒂部和肌壁相连。
对于小部分突出的肌瘤，如果肌瘤较小，通常不需要处理。对于大部分突向宫腔的肌瘤，比如有50%以上的肌瘤突向宫腔，此时就需要进行手术治疗，手术也较简单，使用宫腔镜电切，经过阴道进行，通过阴道、宫颈，将电切镜放到宫腔，切除黏膜下肌瘤。手术因为经过自然的阴道，没有多余创伤，属于微创手术。但对于较大的肌瘤手术，操作起来较困难，需要有经验的医生进行手术。
