射频消融与左心耳封堵术均是用于治疗房颤的手段，不同之处在于射频消融主要目的为根治房颤，而左心耳封堵主要将器件放于左心房，因左心房内左心耳为血栓源头，左心耳封堵主要将源头堵塞，两者治疗方式稍有区别。

两者相同之处为预防卒中，因房颤为引起卒中主要原因，导管消融主要去除房颤。而房颤发作患者血栓多来源于左心耳，将源头堵住后血栓风险也会大幅度降低。另外，射频消融与左心耳封堵术需经过相同路径到达左心房，部分医院及医生可能会选择在同次、同天进行，术中需用到相同耗材，称为一站式手术，可减少患者痛苦及花费。