月经后流褐色血可能是月经量较少，月经血在宫腔阴道内存留时间较长，无法及时排出，在阴道环境作用下颜色变暗，有时呈褐色。正常月经量是20-80mL，若月经量较少且色黑，首先需排除怀孕的可能，因怀孕过程中先兆流产、宫外孕均可引起不规则阴道流血，易被误认为是月经。若已排除怀孕，需进行性激素检查，排除多囊卵巢综合征等内分泌异常导致的不规则阴道流血。还可能有宫颈息肉等器质性病变，引起阴道少量流血，对于此种情况需进行阴道窥视加以明确。
B超检查可排除黏膜下肌瘤、子宫内膜息肉等，此类疾病需进行宫腔镜检查。此外，若月经干净一周后再次出现少量褐色出血，可能是排卵期女性体内激素水平下降引起子宫内膜脱落，造成少量阴道流血，属于生理性情况，无需治疗。
