小叶性肺炎多由感染原因引起，包括细菌感染、真菌感染、病毒感染。对于感染性疾病，要判定致病菌类型，比如细菌感染所致者，需选用抗生素进行治疗，病毒感染、真菌感染需选用对应抗病毒、抗真菌药物进行治疗。

对于临床上用药后无明显好转的肺炎，称为无反应性肺炎，要进一步检查是否存在病原体耐药或非感染性原因引起的小叶性肺炎，一般情况下还需要做纤支镜等检查进行诊断。