多数川崎病不会影响患者一生，少数有并发症的患者需要观察并发症的恢复情况。川崎病最终是否影响一生，取决于冠状动脉是否受影响，少数患者表现为冠状动脉出现瘤样病变。如果为中型或者巨型扩张的患者，会影响到终身，95%以上没有相应后遗症，患者随诊以后多数可完全康复。
影响患者一生只是冠状动脉瘤样的病变，会遗留血管增厚，弹性减弱。巨大的冠状动脉瘤通常不易完全消失，可以在冠状动脉内形成相应血栓，表现为管腔狭窄，影响患者终身。患儿主要表现为冠状动脉血栓形成、冠状动脉狭窄，主要表现为缺血性心脏病，与成年人心肌梗塞相似，需要外科手术搭桥以及介入治疗，多数患者预后较好。
