无论是宫颈癌疫苗，还是其他疫苗，对机体都有一定的副作用，但是已经通过审查的疫苗，对机体的副作用微乎其微，发生的比例也非常低，总体而言，这些副作用可以忽略不计。
绝大多数注射宫颈癌疫苗的女性，副作用表现为当时注射局部可能有红肿或者硬结的情况。极少数人注射以后，有类似病毒感染的情况，比如乏力或者食欲减退等，这些副作用会在很短的时间内消失。但由于宫颈癌疫苗对于宫颈癌的预防有一定局限性，同时注射要求也有一定局限性，需要选择适应的年龄和不同价数，宫颈癌疫苗对于宫颈癌的预防，并不是百分之百。所以，注射完宫颈癌疫苗的人也不能掉以轻心，需要定期进行宫颈癌筛查，避免因注射宫颈癌疫苗以后不做筛查，而出现宫颈病变的可能性。
