应用呼吸机的危害是指机械通气并发症，主要与正压通气和人工气道有关。包括以下几种：

1、呼吸机相关性肺损伤，包括气压容积伤、剪切伤和生物伤，会对正常或病变肺组织造成损伤；

2、血流动力学影响，原因是胸腔内压力升高导致心输出量减少，血压下降；

3、呼吸机相关性肺炎，是指机械通气48小时后出现的肺炎；

4、气囊压迫导致气管食管瘘；

5、呼吸机相关膈肌功能不全；

6、气管插管并发症，包括导管移位、气道损伤、人工气道梗阻、气道出血等。

因此，机械通气患者应严格把握上机指征，治疗过程中严密监护，根据病情随时调整呼吸机模式及参数，避免相关并发症发生。