男性肛瘘的早期症状通常以肛周脓肿为主，然后再出现肛瘘。因肛周脓肿而发生的疼痛，为所有肛肠良性疾病中最剧烈的一种。通常此类病人在就诊时可表现为大汗淋漓、无法行走，甚至由于疼痛而导致失眠。

无论肛周脓肿为自行破溃，还是通过大夫处理后形成外口，均可因伤口迁延不愈而形成外口、内口，以及中间窦道。当患者出现肛瘘后，需及时就诊，一旦诊断则应尽快进行手术治疗，否则无法达到根治目的。