眼底内科与眼底外科并无根本的区别，均专注于眼底病的诊断与治疗。但眼底外科可能更偏重于玻璃体视网膜的手术，如视网膜脱离、增殖性糖尿病视网膜病变，已经无法通过激光进行治疗，需进行玻璃体手术，属于眼底外科治疗的范畴。而眼底内科指针对眼底病进行激光治疗或眼内注射治疗，更注重于内科用药。
较多医院将眼底内科与眼底外科相结合，在眼底病的不同阶段，选择的治疗方法也有所不同。如糖尿病视网膜病变，在早期可能只需进行内科处理，服用活血化瘀的药物。当出现黄斑水肿或已经存在严重眼底缺血，则需要在眼底内科进行激光治疗。若病情加重，出现玻璃体积血，患者需前往眼底外科进行玻璃体视网膜手术。而对于黄斑水肿的患者，可能需要剥除全部黄斑，此时需由眼底内科与眼底外科医生同时进行处理。
