颅咽管瘤本身是一个先天性肿瘤，是良性的，但是它存在一定的复发几率。有报道称第1次手术之后，如果进行了完全切除，有5%左右的复发率；进行了次全切除，可能有30%左右的复发率；如果只是部分切除，可能有一半以上的复发率。
颅咽管瘤术后复发的复发率可能和颅咽管瘤的部位、生长的方式有关，因为它附近有很多重要结构，包括附近的垂体柄、垂体、颈内动脉、海绵窦，包括下丘脑，这些结构的功能非常关键，一旦受到损伤，对于患者可能是灾难性的。
所以在进行颅咽管瘤切除的时候，尤其有些颅咽管瘤有钙化，当它与周围的结构粘连比较严重的时候，就不能够进行强行切除，它可能会带来非常严重的后果。
这个时候有一部分的残留，就有可能引起颅咽管瘤的复发。如果一旦发现颅咽管瘤复发，还要对它进行再次手术切除。
