孤立性直肠溃疡治疗需要具体问题具体分析，若为单纯孤立性直肠溃疡，没有明确病因且溃疡面较小，不影响患者生活质量，可以使用康复新液、蒙脱石散、谷氨酰胺等药物，同时局部可以进行灌肠或栓剂治疗。若孤立性溃疡有明确病因，如病毒、细菌感染，可以使用抗病毒或抗菌药物治疗。

若孤立性直肠溃疡已经出现严重症状，如肛周疼痛、便血，甚至引起排便习惯改变，严重影响患者生活质量，而且内科治疗效果不佳，则需要考虑是否进行手术治疗。根据具体情况随时到医院就诊，由专业医生根据孤立性直肠溃疡的情况提供合理治疗方案。