不合理使用抗菌药物的最直接后果是增加药品不良反应的发生几率，比如出现恶心、呕吐等胃肠道反应，皮疹或过敏性休克等过敏反应，白细胞、血小板减少、凝血功能异常等血液系统毒性，心肝肾功能的损害。长期使用广谱抗菌药物可能会引起菌群失调，继发二重感染，包括致死性艰难梭菌感染等。最长远的影响是在抗菌药物选择压力下，诱导出之前使用抗菌药物不能杀灭或者耐药菌群出现并且定植。

一旦出现免疫功能低下，特别是血糖控制不好糖尿病患者、高龄、长期使用激素以及免疫抑制剂患者，定植耐药菌很可能会发展为致病菌，成为下一次感染性疾病发生元凶。对自身而言，会增加治疗难度和医疗费用，对他人而言会增加耐药菌传播风险。