垂体微腺瘤的原因涉及到肿瘤的病因学，无论是良性肿瘤还是恶性肿瘤，病因都不够明确，垂体微腺瘤也是如此。垂体微腺瘤的原因总体上可以分成内因和外因两部分，内因就是特定基因学结构的改变，病人可能发生了一定的基因突变。外因则可能是生活习惯，还有内分泌的因素。常见的原因像生活中的化学毒素可能会诱发肿瘤，还有病毒因素也可能是肿瘤的诱发因素。
但是对于垂体微腺瘤，目前理论认为更有可能是来源于下丘脑的神经或内分泌激素的刺激。在原已发生基因突变的基础上，形成了垂体微腺瘤的干细胞或者前体干细胞。在激素水平的不断刺激作用下，垂体瘤早期干细胞就形成了单克隆的增生和聚集。随着聚集细胞数量的不断增加，最终形成了垂体微腺瘤。
但是以上都认为是假说，还没有得到最终的确认。因此垂体微腺确切的病因，目前医学家或者科学家都很难定论。但是根据上述所谓的假设，也应该注意到要尽量避免接触化学毒物或远离电离辐射等可能引起肿瘤的外源性因素。
