输尿管结石往往会引起肾绞痛，肾绞痛一般都较剧烈，可呈剧烈绞痛或者刀割样疼痛，疼痛级别可达到11级，仅次于孕妇分娩时的疼痛。缓解疼痛是治疗输尿管结石中的重要环节，一般会建议病人使用非甾体类抗炎药，可达到镇痛作用，比如双氯芬酸钠。

严重的病人也可使用阿片类镇痛药，吗啡、杜冷丁等，也可使用舒张输尿管平滑肌的药物，比如间苯三酚等药物。