卵巢囊肿通常属于良性，而卵巢包块属于混合性，在术前不知道其良恶性时，可能相对卵巢包块更严重。但如果手术后确定两者均为良性，则认为良性的卵巢包块和囊肿均不严重。
常见的卵巢囊肿有黄体囊肿可以自行消退，通常不需要手术。还有巧克力囊肿，属于一种良性疾病，恶性较罕见，但其对生育功能的破坏较大。因为巧克力囊肿可以破坏卵巢功能，引起盆腔炎症，影响输卵管功能，且容易复发，相对较麻烦，尤其对于有生育要求的女性。但是手术治疗后，通常可加用部分药物人工辅助生育。
卵巢包块有畸胎瘤，畸胎瘤大部分属于良性，恶性较罕见。畸胎瘤对卵巢相对破坏性较小，可将其剥除，通常可以较好保留卵巢功能。卵巢包块里还有恶性卵巢癌，根据卵巢癌的分期、分类，早期可能治疗效果更好，晚期卵巢癌复发率较高。其中生殖细胞肿瘤、性索间质细胞肿瘤的治疗效果亦相对较好。
