做胃镜是恶心，做肠镜是疼，做胃镜的时间较短，为5-10分钟，做肠镜的时间较长，为15-20分钟。通常做肠镜比较疼、比较难受，但有的患者感觉做胃镜更难受，难以接受全程做胃镜过程中的恶心，但能接受做肠镜的疼。
据不完全统计，目前做无痛胃镜的患者占的比例是50%-60%，做无痛肠镜的比例是70%-80%，通常患者应用麻醉缓解难受的比例，肠镜的比例更高。所以做胃镜的难受度因人而异，与操镜的内镜大夫，以及患者的配合度、患者的放松程度密切相关。所以一般是肠镜更难受，麻醉的患者不多，而胃镜有局麻的药物辅助，因此胃镜的难受度较低，接受度较高，所以认为做胃镜比做肠镜耐受度更好。
