巧克力囊肿通常可以治愈。巧克力囊肿在临床上通常采用腹腔镜方式确诊，治疗方法主要包括手术治疗、药物治疗，以及手术加药物结合治疗。对巧克力囊肿进行手术剥除后，多数囊肿患病组织都会被剥除。

此外需注意巧克力囊肿，可能出现复发的情况，难以完全根治。如部分残余病灶可以死灰复燃，数年后有复发的可能。因为卵巢有功能，且子宫内膜持续存在，即使将所有肉眼可见病灶全部剥除，但依然存在肉眼不可见病灶，或有再发的可能。