慢性肾炎与肾盂肾炎最重要的区别，是慢性肾炎是非感染性疾病，肾盂肾炎是感染性疾病，具体如下：

1、慢性肾炎：一般和感染有一定关系，这种感染通常见于细菌感染、病毒感染，甚至原虫感染，会启动体内的免疫机制，导致病人出现慢性肾炎症状，这个时候病人可以出现血尿、蛋白尿、水肿、高血压。除了炎症的免疫性机制外，慢性肾炎还有非免疫机制参与，非免疫机制比较常见的是糖尿病、高血压，这两种疾病都可能导致病人肾小球囊内压升高，从而诱发慢性肾炎的发生。因此，慢性肾炎可能和感染有关，但通常是非感染性免疫相关的炎症；

2、肾盂肾炎：与感染相关的炎症，主要分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎，其感染主要包括沿着下尿路上行感染，一般见于大肠杆菌，还可以沿着血行播散、沿着淋巴道、沿着肾脏局部组织蔓延，这些情况都可以引起肾盂肾炎。