囊肿和肌瘤的性质、起源、位置都完全不一样。具体如下：

1、位置不同：肌瘤大多数的情况下指子宫的肌瘤，子宫的肌瘤是子宫肌层的局限性增生呈现瘤样改变。子宫肌瘤可发生在子宫体部、子宫颈部、子宫靠近腹腔的浆膜面、子宫的肌层之间、靠近宫腔的子宫内膜的黏膜面。根据子宫肌瘤的位置不同、大小不同，子宫肌瘤所出现的临床症状完全不一样。囊肿有可能发生在任何一个部位，妇科的囊肿有可能是外阴的前庭大腺囊肿，此类囊肿是由炎症所导致；也有可能是由于阴道壁出现的阴道壁囊肿或输卵管系膜囊肿。上述囊肿是由于女性在盆腔器官生长发育过程中，由于副中肾管出现遗迹所造成的表现。通常也可不予处理，但若囊肿出现症状则需要手术治疗。还有一些囊肿存在于宫颈的位置，被称为宫颈纳氏囊肿。此类囊肿是由于宫颈的腺体被鳞状上皮所覆盖，导致宫颈腺体分泌的液体没有办法及时排出而造成局部膨大。宫颈纳氏囊肿不会有任何临床症状，也不会导致恶变，所以也不需要进行任何治疗；

2、性质不同：肌瘤是良性，而囊肿可以是恶性。极个别的情况下也有可能会出现肌瘤的变性，比如在妊娠期间容易出现的红色变性；极特殊的情况下也有可能会出现肌瘤的肉瘤变。子宫肌瘤在生育年龄的女性，是生殖器官最为常见的良性肿瘤。囊肿中的卵巢囊肿有可能是黄体囊肿等生理性的囊肿，通常也不需要治疗，若出现破裂、出血、扭转等急腹症则需要进行手术；但卵巢囊肿还有一类是肿瘤性病变，比如卵巢的子宫内膜异位囊肿、浆液性肿瘤、黏液性肿瘤等也都会呈现囊肿样改变。但针对此类病理性的肿瘤，若能明确肿瘤持续存在，甚至有时可能会有恶性变的前提下，通常需要进行手术治疗。

由此可见无论是囊肿还是肌瘤，其性质多种多样，具体的情况需要具体分析。