椎管囊肿造成的原因无明确标准，可能是肿瘤性囊肿，物理因素、化学因素、生物学因素、基因因素等因素，以上这些因素都不能明确椎管囊肿的主导因素，无固定标准。比如骶管囊肿，类似于脑部的蛛网膜囊肿，是一种发育异常，并没有特殊的外部因素，可能先天就存在于体内。
对于其他囊肿，比如肠源性囊肿也是先天异常，即胚胎发育异常形成的囊肿。患者无症状时很难发现存在囊肿，囊肿存在于患者体内的时间会比较长，患者通过手术治疗能达到比较好的治疗目的，有时骶管囊肿治疗相对比较复杂，多数患者通过手术不能达到好的治疗目的。
至于其他囊肿可能是囊性肿瘤，比如神经鞘瘤有囊性病变，看起来类似于囊肿，且可能是由于肿瘤的部分囊性病变引起，此时患者通过手术能达到比较好的治疗目的。
