小肠多发溃疡的病因如下：

1、感染性疾病：常见细菌感染，通过使用抗生素一般可以缓解溃疡，有时候可能不是特别常见的细菌，比如艰难梭菌等。结核杆菌感染时全消化道均可被累及；

2、炎症性肠病：在临床最近几年比较多见的是克罗恩病，克罗恩病也可以累及全消化道，治疗比较困难；

3、缺血性疾病：老年患者伴有糖尿病，血液呈高凝状态时可以由于缺血导致小肠多发溃疡；

4、肿瘤性疾病：比如小肠肿瘤、淋巴瘤，可导致小肠多发溃疡；

5、药物因素：比如应用非甾体抗炎药，可导致小肠多发溃疡。