乳腺癌的免疫组化指标是基于对病变形态的判断，可评估癌变是原位的还是浸润型病变。如果是浸润性癌，通常会选择ER、PR、HER-2及KI67等表达。

此四项指标能够帮助判断内分泌状态，判断HER-2的扩增情况。KI67是一个增殖指数，可帮助判断肿瘤生长的快慢。如果ER、PR是阳性，提示可对病人进行内分泌治疗。如果HER-2是扩增阳性，提示可对病人进行赫赛汀治疗。如果是原位癌，选择肌上皮标记观察肿瘤细胞是否蔓延。